1. 주사업장 총괄 납부제도
사업장이 둘 이상인 사업자가 주된 사업장의 관할 세무서장에게 주사업장 총괄 납부를 신청한 경우, 납부할 세액을 주된 사업장에게 총괄하여 납부하거나 환급받을 수 있는데, 이를 주 사업장 총괄납부제도라고 합니다. 총괄 납부하는 경우에도 사업자등록과 과세표준의 신고 등은 각 사업장마다 따로 이행하여야 합니다.
1) 총괄납부의 요건
- 주된 사업장: 주사업장은 법인의 본점 또는 개인의 주사무소로 해야 합니다. 다만, 법인은 지점이나 분사무소를 주사업장으로 할 수 있습니다.
- 총괄납부 신청: 사업장이 두 개 이상인 사업자가 주사업장 총괄납부하려는 경우에는 총괄납부하려는 과세기간 개시 20일 전에 주사업장총괄납부신청서를 주사업장 관할 세무서장에게 제출해야합니다. 예시로 2021년 제 2기부터 총괄납부하고자 하는 경우에는 2021년 6월 10일까지 신청을 해야합니다. 또한, 사업장이 하나인 사업자가 추가로 사업장을 개설하면서 추가 사업장의 사업 개시일이 속하는 과세기간부터 총괄납부를 적용받으려는 경우엔 추가 사업장의 사업 개시일로부터 20일 이내에 사업자의 주사업장에 신청해야 합니다.
2) 총괄납부의 효력
(1) 총괄납부
주사업장 총괄납부는 총괄납부할 과세기간 개시일부터 적용합니다. 총괄납부 신청을 한 사업자는 총괄납부할 과세기간의 개시일 이후에 거래분부터 각 사업장의 납부세액 또는 환급세액을 사업장간에 통산하여 주사업장 관할 세무서장에게 납부하거나 환급을 받게 됩니다.
하지만 사업장간의 납부세액을 통산한다는 의미가 과세표준 및 매출세액과 매입세액을 사업장간에 통산하여서 납부세액을 총액으로 산정하라는 것이 아닙니다. 즉, 각 사업장별로 매출세액과 매입세액을 따로 계산해서 납부세액 또는 환급세액을 계산하고 납부세액 또는 환급세액을 계산하고 이들을 서로 합산 또는 상계하여 그 잔액을 납부하거나 환급받는 것으로서 각 사업장별 계산 내용은 "사업장별 부가가치세 과세표준 및 납부세액 신고 명세서"에 개별적으로 나타나게 됩니다. 즉, 총괄납부는 납부나 환급에 국한되는 것일 뿐입니다. 사업장별 과세원칙을 변경시키는 것이 아닙니다.
(2) 재화의 공급 의제 적용 배제
원칙적으로는 둘 이상의 사업장이 있는 사업자가 자기 사업과 관련해서 생산이나 취득한 재화를 타인에게 직접 판매할 목적으로 다른 사업장에 반출하는 것은 재화의 공급으로 간주해서 부가가치세를 납부해야 합니다. 그러나 총괄납부 신청을 한 사업자의 경우에는 이를 재화의 공급으로 보지 않아 세금계산서를 발급하지 않습니다.
2. 사업자 단위 과세제도
현재 다수의 기업이 전사적 기업 자원관리시스템을 도입하여 본사에서 각 사업장의 모든 자원을 관리할 수 있기 때문에 사업장별로 부가가치세를 신고하고 납부하는 것이 업무의 중복과 비효율성을 초래한다는 지적이 있었습니다. 따라서 부가가치세 법에서는 사업자가 본사에서 총괄하여 부가가치세를 신고와 납부할 수 있도록 규정하고 있는데 이를 사업자단위과세제도라고 합니다. 주사업장 총괄납부제도는 주사업장에서 각 사업장의 부가가치세를 총괄납부만 가능하였지만, 사업자단위과세제도는 신고까지 가능하다는 점에서 차이가 있습니다.
1) 사업자단위과세제도 신청
사업장 단위로 등록한 사업자가 사업자단위 과세사업자로 변경하기 위해서는 사업자단위과세사업자로 적용받으려는 과세기간 개시 20일 전까지 사업자의 본점이나 주사무소 관할 세무서장에게 변경등록을 신청해야 합니다. 예를 들어, 20212년 제2기부터 적용하고자 하는 경우에는 2021년 6월 10일까지 신청을 해야 합니다.
사업장이 하나인 사업자가 추가로 사업장을 개설하면서 추가 사업장의 사업 개시일이 속하는 과세기간부터 사업자 단위 과세 사업자로 적용받으려는 경우, 추가 사업장의 사업 개시일부터 20일 이내에 사업자의 본점 또는 주사무소 관할 세무서장에게 변경등록을 신청해야 합니다.
2) 사업자단위 과세의 효력
사업자단위 신고와 납부를 하는 경우, 사업자의 본점 혹은 주사무소에서 부가가치세를 총괄하여 신고와 납부를 할 수 있습니다. 사업자등록 및 세금계산서를 단일화하여 세금계산서의 발급과 수령을 본점 또는 주사무소에서 수행할 수 있습니다.
